Struktura buněčného jádra a řízení buněčných procesů

Laboratoř molekulární cytologie a cytometrie z Biofyzikálního ústavu Akademie věd České republiky má rozsáhlou zkušenost ve studiu 3D-jaderné architektury buněčných jader pomocí konfokální mikroskopie (Bártová et al., 2005, 2008; Harničarová et al., 2006; Kozubek M. et al., 1999; Kozubek S., 1997, 2000). Pro zobrazování jaderných struktur používáme fluorescenční techniky jako například imunofluorescence, DNA a RNA fluorescenční in situ hybridizace (FISH). Vazbu proteinů na DNA a expresi genů studujeme pomocí chromatinová imunoprecipitace (ChIP-PCR, ChIP-on-chip) a RT-PCR. Náš výzkum směřuje mimo jiné ke studiu živých buněk na modelech reporterových buněčných linií. Tyto experimenty umožňují odhalit dynamiku jaderných proteinů in vivo. Zajímáme se také o jaderné radiální distribuce genů, chromozómů a proteinů regulujících chromatin. Systém konfokální mikroskopie s vysokým rozlišením nám umožňuje zkoumat modifikace histonů, které představují základní stavební jednotky chromatinu. Změny v jaderném uspořádání genů a karyotypové změny dáváme do kontextu nádorové transformace buněk. Těmito experimenty bychom chtěli objasnit vzájemné vztahy mezi jadernou architekturou a jadernými/buněčnými procesy jako je transkripce, reparace DNA a buněčná diferenciace. Přispíváme tak ke znalostem biologie chromatinu nádorových buněk a lidských embryonálních kmenových buněk.